问一个关于超级祖先的小白问题

比如一个5，6千年前的父系祖先（是一个男人），除了能给你一条突变的Y染色体，是不是没有任何东西了。自己的基因主要还是由父母，父母的父母，大概近3，4代的所有祖先决定。
如果是的话，那为什么几万年前的尼安德特人的基因现代人很多都有包括好的基因和坏的基因。难道是因为尼安德特人是人种而不是个人吗？