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wegene数据转23andme数据的尝试
本来想试一下dna.land的,结果发型墙内上不了dna.land.........
试了下gedmatch,虽然,去掉了wegene所有的定制位点,但是结果还是和原来一样,有1+%的非洲
试了下gedmatch,虽然,去掉了wegene所有的定制位点,但是结果还是和原来一样,有1+%的非洲
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把WeGene的原始数据转换成23andme的数据，要解决的问题：
1. 23andme的数据是有5个版本的，从V1到V5。V5是刚刚出来，很多第三方也不支持，V4用了很多年，用得比较多。现在建议以V4为转化目标。
2. 修改rawdata的头部注释信息。很多第三方应用都会验证原始数据txt文件头部的注释信息，这个肯定要改成跟23andme一样的。
3. 修改数据中的SNP列表。WeGene跟23andme的rawdata是有区别的，把两者重叠的部分全部保留。
4. 剩下的是23andme数据中有，而WeGene数据中没有的位点。这部分有几种处理方法，根据我自己的看法，从易到难罗列一下：
4.1 全部标为未检出：这显然是最简单的，但是会损失很多信息，有些第三方应用也会提示数据的nocall rate太高。
4.2 全部用中国人的高频基因型填充：根据千人基因组项目的SNP frequency信息，把中国人群的高频基因型填充进去。这个方法也可以细化一点，比如根据CHB和CHS对南方和北方的数据做不同的处理。
4.3 先用WeGene原始数据中所有的位点，用千人的Chinese做参考数据集，对23andme多测的那些位点的结果做imputation，把impute中info值比较高的位点的impute结果填充进去，impute效果不好的点用未检出填充。
从合理性来说，4.3是最好的
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